El espacio geográfico que presenta la provincia de Guadalajara es muy variado en cuanto a los paisajes vegetales, consecuencia de la combinación de los factores ecológicos y antrópicos.

La provincia de Guadalajara cuenta con 1.219.040 hectáreas, siendo un 25  por ciento de masa arbolada, con 145.585 hectáreas de coníferas y 155.775 hectáreas frondosas.

Dentro del territorio de las masas arbóreas de frondosas y matorrales de sustitución cabe destacar las siguientes formaciones:

Encinares: la encina ocupa todo el territorio provincial, a excepción de determinados enclaves de mayor altitud. Constituye formaciones arbóreas acompañadas por matorrales como el romero, jaras, tomillo, cantueso, espliego y salvia.

Quejigares: la provincia de Guadalajara cuenta con una gran extensión de Quejigares, alrededor de 40.387 hectáreas, sobre todo en terrenos entre los 80 y 1.200 metros de altitud. Generalmente aparecen acompañados de serbales y matorrales espinosos.

Melojares: estos ocupan una región más reducida. Aparecen sobre todo en el macizo de Ayllón y en las sierras limítrofes de la provincia de Guadalajara.

Pinares: ocupan gran parte de la extensión de la provincia, debido a una inmensa política de repoblación que ha conducido en numerosas ocasiones  a la sustitución de las masas frondosas. Entre algunas de las especies de pino que existen en esta región podemos nombrar el pino laricio, el pino resinero, el pino de albar y el pino carrasco.

Las lagunas de Puebla de Beleña es un espacio natural protegido, localizado al noroeste de la provincia de Guadalajara.

Son lagunas de tipo estacionales que quedan de una antigua red de drenaje. Están localizadas sobre un conjunto de sedimentos arenosos, intercalados de arcillas y limos, y se piensa que su origen se encuentra relacionado con el curso del río Jarama, en concreto con su terraza más alta y antigua.
Estas lagunas de aguas dulces, compuestas por dos lagunas endorreicas, tienen un marcado carácter estacional, ya que dependiendo de las lluvias de un año, pueden comunicarse entre ellas. Están rodeadas de cultivos de secano, de pastizales estacionales y habitan una gran variedad de aves que confieren al lugar un gran valor ecológico.
La flora más característica es la vegetación acuática y anfibia que se encuentra en el lugar. Entre especies de flora singular, que podemos destacar nos encontramos el trébol peludo, y la Littorella uniflora.
Su fauna también es muy rica y es la responsable del alto valor ecológico de la zona. Hay mucha variedad de aves migratorias, como la grulla común o la cigüeña negra. Además, frecuentan este humedal otras aves rapaces, como el aguilucho cenizo y el alcotán. Y este lugar es el espacio de caza de otras especies, como el águila real, el buitre leonado, o el halcón peregrino.
Con respecto a los anfibios, destacar la presencia del sapo partero común y la ranita de San Antonio.